A sede da AEMS - Três Lagoas está localizada em Três Lagoas, município a cerca de 340 km da capital de Mato Grosso do Sul.
Em sua estrutura física possui mais de 100 salas de aula, equipadas com recursos visuais e de áudio, biblioteca, anfiteatro, auditório, conjunto poliesportivo, além de clínicas de Fisioterapia, Psicologia e Nutrição, laboratórios de informática e específicos para os cursos.