A sede da FLAM fica em Arujá, cidade na região metropolitana de São Paulo, a cerca de 40 km da capital paulista. Localizada próximo da Rodovia Presidente Dutra, possui salas de aula com ventilação, biblioteca com mais de 8 mil volumes de teologia e assuntos afins, auditório, salas de estudos, laboratório de informática e estacionamento privativo.