A FMABC está localizada na cidade de Santo André, no estado de São Paulo. Seu campus conta com uma infraestrutura moderna, composta por 25 laboratórios especializados, quatro auditórios e 25 salas de aula equipadas com tecnologia de audiovisual moderna. A unidade também abriga o Instituto de Morfologia, a Técnica-Cirúrgica e Cirurgia Experimental (Biotério), e um Ambulatório de Especialidades que realiza mais de 100 mil atendimentos por ano.
O Centro de Pesquisas Multicientíficas e a Biblioteca “João Metanios Hallack” são outros componentes que suportam a missão educacional e de pesquisa da instituição.
O campus oferece opções de transporte público, como ônibus e trem, facilitando o acesso e a mobilidade dentro e fora da universidade. Além disso, a região de Santo André é conhecida por ser um polo educacional, atraindo estudantes de todo o Brasil.