A sede da Universidade Metodista de São Paulo fica no bairro Rudge Ramos, em São Bernardo do Campo, no ABC paulista. A instituição ainda possui mais duas unidades localizadas na mesma cidade e conta com quase 90 polos de apoio aos alunos de ensino a distância pelo Brasil.
Em seu campus principal, possui laboratórios multidisciplinares e específicos, como os de Biodiversidade e Microbiologia, salas de projetos, auditórios, agência de comunicação e redação multimídia. Além disso, dispõe de biblioteca, brinquedoteca, anfiteatro, quadra poliesportiva, Hospital Veterinário e Policlínica.