A UCPel possui três unidades em Pelotas, a cerca de 270 km de Porto Alegre (RS). Duas delas estão localizadas na região central da cidade (campus I e Hospital Universitário) e a outra no bairro Três Vendas (campus da Saúde).
Em sua infraestrutura, é possível encontrar além das salas de aula, laboratórios específicos, auditórios, anfiteatro, museu, sala de estudos, bibliotecas, posto de saúde, laboratórios de informática, áreas de convivência, rádio universitária, hospital universitário, editora e centro de atendimento psicossocial.