A sede da UESC é o campus Soane Nazaré de Andrade, localizado no município de Ilhéus, a cerca de 450 km da capital Salvador (BA).
Entre os destaques da estrutura oferecida pela instituição estão diversas salas de aula, auditórios, biblioteca, hospital veterinário, restaurante universitário, laboratórios específicos para os cursos e complexo esportivo, com campo de futebol, quadra poliesportiva e piscina semi-olímpica. Também conta com casa de vegetação, horto de plantas medicinais, Fazenda Santa Cruz e Centro de Biotecnologia e Genética.