A UFES possui quatro principais campi em diferentes regiões do estado. O Campus de Goiabeiras, localizado em Vitória, é o maior deles e concentra grande parte das ofertas da instituição. Ele também possui uma grande biblioteca, restaurantes universitários, centro de convivência, hospital universitário e áreas de lazer.
Já o Campus de Maruípe, também em Vitória, é especializado em áreas de saúde e possui unidades como a Faculdade de Medicina e a Faculdade de Odontologia. Além disso, conta com hospitais-escola de referência, laboratórios e centros de pesquisa.
O Campus de São Mateus fica no norte do estado e oferece cursos nas áreas de Ciências Biológicas, Engenharia, Ciências Exatas, Ciências Humanas, entre outros campos do conhecimento.
Por fim, o Campus Alegre está localizado na região sul do estado e abriga o Centro de Ciências Agrárias e Engenharias (CCAE) e o Centro de Ciências Exatas, Naturais e da Saúde (CCENS).