Localizada no Sul do Rio Grande do Sul, em Pelotas, a 250 km de Porto Alegre, capital do estado, a sede da UFPel fica no campus Anglo. Possui ainda outros campi: Porto, Centro, Norte, Fragata e campus Capão do Leão, na cidade de mesmo nome.
Em termos de estrutura, a universidade conta com salas de aula, bibliotecas, laboratórios, auditórios, restaurantes-escola e uma casa do estudante. Além disso, dispõe de incubadora de base tecnológica, hospital-escola e hospital veterinário.