A sede da UFSJ fica em São João del Rei, a cerca de 185 km de distância de Belo Horizonte. Conta também com campi em outras quatro cidades mineiras: Ouro Branco, Congonhas, Divinópolis e Sete Lagoas.
Além das salas de aula, suas instalações dispõem de auditórios, bibliotecas, anfiteatros, laboratórios, cantinas e laboratórios de informática. Possui ainda biotério, brinquedoteca, clínica de Psicologia, área esportiva (campo, quadras, piscina e ginásio) e empresas juniores.