A sede da Unijuí fica na cidade de Ijuí, a cerca de 390 km de Porto Alegre (RS). Conta ainda com outros campi em Santa Rosa, Panambi e Três Passos e polos de apoio ao ensino a distância em nove cidades do estado.
Em sua infraestrutura, além das salas de aula teóricas e práticas, dispõe de salão de atos, auditórios, miniauditórios, anfiteatros, ginásio, pista de atletismo, sede para diretórios acadêmicos, salas de estudos, salas de exposição, espaços para livrarias, biblioteca, restaurantes, agências bancárias, áreas de lazer e locais de apoio e serviços aos estudantes.