A UNIVAP conta com dois campi em São José dos Campos, região do Vale do Paraíba, em São Paulo. Um campus fica no centro da cidade e o outro no bairro Urbanova.
Em sua estrutura física possui salas de aula, biblioteca, laboratórios específicos para os cursos, teatro, TV universitária e capela. Também conta com Observatório de Astronomia e Física Espacial, Parque Tecnológico, Incubadoras de Empresas, Instituto de Pesquisa e Desenvolvimento e Centro de Estudos da Natureza, que inclui serpentaria, borboletaria, viveiro de plantas medicinais e área de recuperação ambiental.