A febre amarela é transmitida por mosquitos em ambientes urbanos e silvestres. Em ambos os ambientes, a manifestação do vírus é idêntica, diferindo apenas nos agentes transmissores - que, no caso dos ambientes silvestres é, principalmente, o mosquito Haemagogus, enquanto isso, em ambientes urbanos, o vetor do vírus é o mosquito Aedes Aegypti.
A infecção só ocorre quando um indivíduo que nunca teve contato com o vírus e que nunca tomou a vacina contra a febre amarela é picado por um mosquito infectado. Uma vez infectado, esse indivíduo passa a ser meio de transmissão do vírus para outros mosquitos, que, por sua vezes, poderão levar o vírus a outros indivíduos.
A febre amarela pode acometer, também, outros animais vertebrados, como os macacos, que, assim como os humanos, tornam-se hospedeiros da doença. Embora nos macacos a doença não se manifeste, ela pode ser contraída por outros mosquitos que levarão o vírus a macacos não infectados.
A transmissão de humano para humano, macaco para macaco e entre macacos e humanos não ocorre, pois a transmissão se dá apenas através da picada do mosquito. A ocorrência da doença em macacos pode ajudar a identificar regiões em que a circulação do vírus está ativa, facilitando, assim, o trabalho do órgãos responsáveis por distribuir vacinas em todo o território nacional.