O enredo de “O Cortiço” passa pela história de João Romão, que busca a qualquer custo enriquecer e ascender socialmente. Ele é dono de uma venda, de uma pedreira e do cortiço no qual vivem os personagens que conhecemos durante a leitura.
As casinhas simples do cortiço são em sua maioria alugadas pelos trabalhadores da pedreira, os quais por sua vez fazem suas compras na venda. Detentor desse monopólio, João Romão consegue enriquecer rapidamente.
Com esse objetivo do enriquecimento, que se torna uma obsessão, o personagem também economiza tudo o que recebe e explora pessoas sem escrúpulos. Um exemplo disso é a história de sua amante Bertoleza, uma escrava fugida para quem João Romão falsifica um documento de alforria. Em vez de com isso conquistar a liberdade, porém, Bertoleza passa a ser explorada pelo próprio João Romão. Ela trabalha para ele todos os dias sem descanso.
O outro espaço no qual o livro se passa é o rico sobrado de Miranda, um comerciante de muito prestígio social. Tal sobrado se localiza ao lado do cortiço, o que explicita a gritante desigualdade social do Rio de Janeiro em período de urbanização.
Conforme João Romão enriquece, Miranda considera oferecer-lhe a mão de sua filha Zulmira em casamento. Isso faria com que ele cumprisse seu objetivo de atingir um patamar superior na hierarquia social, para além da ascensão econômica.
Bertoleza, porém, não aceita que João Romão a descarte e se case com outra mulher. Para se livrar dela, Romão denuncia Bertoleza como escrava fugida e seu verdadeiro dono aparece para colocá-la novamente no cativeiro. Desesperada, ela se mata.
Vários episódios de diferentes moradores do cortiço nos são contados de forma intercalada com esse enredo que envolve a busca de João Romão pela ascensão social e econômica. Para esses moradores, a luta pela sobrevivência é muito mais difícil.
A partir das histórias desses personagens, o autor defende sua tese naturalista, segundo a qual o meio em que a pessoa está inserida molda seus comportamentos.
Um exemplo disso é a vida de Jerônimo, um operário português que trabalha na pedreira. Quando chega ao cortiço, Jerônimo é uma pessoa honesta, trabalhadora, disciplinada e moralmente admirável. É casado com uma moça também portuguesa de nome Piedade e com ela têm uma filhinha.
Ao se expor ao ambiente de degradação do cortiço, porém, ele se transforma: apaixona-se pela mulata Rita Baiana, descrita como sensual. Por ela, Jerônimo deixa a família e chega até mesmo a cometer um assassinato.
Outro caso de degradação através do meio é a história de Pombinha. No início da narrativa ela é uma moça culta e inocente que aguarda a primeira menstruação para que possa se casar. Seduzida pela prostituta Léonie, ela foge para viver com a amante e também se torna prostituta.
O próprio cortiço, personagem principal do livro, também evolui juntamente com a evolução social de seu dono João Romão. Durante a história, ele passa por reformas e sua aparência e estrutura se tornam mais agradáveis. Aqueles que nele passam a morar, consequentemente, são mais ordeiros e de um nível social superior.
Assim, os personagens pobres e degradados que conhecemos se mudam para outro cortiço de estrutura inferior. Com isso, ao final, Aluísio Azevedo tenta provar que a lei do mais forte é a que predomina naquela estrutura social.