Em 1989, iniciadas as primeiras eleições diretas depois da ditadura militar, Collor foi eleito presidente da república, após um período de propaganda política e midiática desigual se comparados ao outro candidato, Luiz Inácio Lula da Silva, do PT.
Associou sua imagem a de um “caçador de Marajás”, e assim ficou conhecido nacionalmente. Isso implicava em uma estratégia de remoção de funcionários públicos que recebiam salários desproporcionais.
No entanto, após sua posse, as medidas econômicas tomadas em seu governo geraram polêmicas e contribuíram para a impopularidade do Collor presidente. O congelamento da poupança foi uma delas. Essa iniciativa planejada pela Ministra da Fazenda Zélia Cardoso de Melo tinha a intenção de combater a alta inflação.
Os cortes dos gastos estatais, as medidas de privatizações e abertura de mercado do país ao capital estrangeiro são características do plano de governo de Collor, e é considerado por muitos, um plano de modernização econômica do país.
Esses procedimentos fizeram parte do chamado Plano Collor.
Em 1992, no entanto, Collor passou a enfrentar denúncias de corrupção passiva e tráfico de influência. Tais denúncias foram feitas por seu irmão, Pedro Collor, que revelou que PC Farias, além de ser o tesoureiro da campanha do então presidente, também recebia benefícios do governo.
A CPI (Comissão Parlamentar de Inquérito) investigou as denúncias que, comprovadas, resultaram no impeachment de Collor.
Impedido de exercer funções políticas por 10 anos, Collor mudou-se para Miami. De volta ao Brasil, já em 2000 tentou concorrer a eleição da prefeitura de São Paulo, mas foi impedido pelo TSE (Tribunal Supremo Eleitoral).
Já em 2002, conseguiu disputar as eleições para o governo de Alagoas, mas foi derrotado. Quatro anos depois, elegeu-se e senador, cargo que manteve durante 8 anos.