Atualmente, muito se discute acerca dos prós e contras do uso da transgenia, principalmente em relação aos alimentos. É inegável que, devido à maior resistência das plantas transgênicas, é possível disponibilizar mais recursos alimentares para a população mundial - em especial, à população faminta.
Porém, a distribuição desses alimentos ainda é motivo de estudo, uma vez que não se sabe ao certo quais são as consequências do uso dessa tecnologia a médio e longo prazo.
A Organização Mundial de Saúde e a Organização da ONU para Alimentação e Agricultura afirmam que ainda não é possível comprovar malefícios decorrentes do uso de produtos transgênicos que estão sendo comercializados.
Um outro ponto bastante discutido é o provável aumento da resistência de ervas daninhas e de insetos nas culturas agrárias. Esse aumento pode fazer com que o uso de agrotóxicos também passe a aumentar. Por este motivo, um dos argumento centrais de quem é contra o uso dos transgênicos é o fato de que as principais culturas de transgenia no Brasil, que são as lavouras de soja, milho e algodão, lideram o consumo de agrotóxicos no país.
Existe, ainda, a preocupação quanto ao meio ambiente. O receio é de que ocorra o escape gênico por meio da polinização cruzada entre os organismos transgênicos e os organismos não modificados. Esse fenômeno pode levar à extinção de espécies naturais que são menos resistentes a herbicidas e a pragas. Como resultado, teríamos a perda da variedade genética dentre os vegetais.