Os problemas ambientais no meio rural estão relacionados com a modernização agrária, ou seja, mecanização, e com o uso contínuo de adubos químicos e agrotóxicos.
A primeira alteração ecológica provocada pela agricultura é o desmatamento da área, ocasionando o extermínio da fauna dependente da vegetação e deixando os trabalhadores e o gado sem a sombra fornecida pelas árvores em dias ensolarados.
O uso intenso de agrotóxicos na agricultura e na pecuária, com o intuito de combater as pragas, acabam provocando o efeito contrário, já que também eliminam os micro-organismos benéficos às plantas, que são predadores naturais das pragas.
A longo prazo, insetos e pragas nocivos à agricultura e à pecuária sofrem mudanças genéticas, passando por um processo de seleção natural, e acabam adquirindo resistência à certos produtos químicos. O calor intenso e a forte umidade presentes em regiões equatoriais e tropicais favorecem ainda mais a proliferação de micro-organismos e insetos.
Ao tentar conter essas pragas, intensificam-se o uso dos produtos químicos, o que acaba contaminando os alimentos produzidos pela agropecuária. As verduras, frutas, cereais e leites contêm resíduos de inseticidas e outros produtos químicos que fazem mal à saúde, como mercúrio e fosfatos.
A carne bovina e de frango também apresentam resíduos de hormônios e outros remédios fornecidos ao animal para auxiliar em seu crescimento e impedir que ele contraia doenças.
O uso excessivo de adubos químicos pode poluir rios e lençóis freáticos, comprometendo a qualidade da água usada no abastecimento humano. Além disso, os adubos químicos também eliminam muitos microorganismos e minhocas que auxiliam na fertilidade do solo. O uso de adubos orgânicos mostra-se como uma boa alternativa para evitar esses problemas.
Outro problema ecológico refere-se à produção de produtos transgênicos ou organismos geneticamente modificados (OGMs). Existem muitas vantagens neste tipo de alimentos, como o aumento na produtividade da agricultura, o que gera um aumento na oferta de alimentos, aumento no teor de vitaminas e proteínas, aumento no tempo em que esses alimentos começam a se deteriorar etc.
Apesar dessas vantagens, aconteceram muitos protestos contra a produção de OMGs, uma vez que haviam suspeitas de que esses produtos estivessem ocasionando alergias, doenças e até mesmo alguns tipos de câncer. Apesar da falta de comprovação científica de que isso realmente ocorre, a produção de OMGs ainda é bastante polêmica.