O complexo do Pantanal - ou Pantanal Mato-grossense - é um agrupamento de formações vegetais variadas. Neste bioma, é possível encontrar desde matas que se assemelham a florestas pluviais até áreas de cerrado próximas à fisionomia da caatinga, bem como campos e vegetação arbustiva.
O Pantanal é a maior área úmida continental da Terra. Ele se localiza nos estados do Mato Grosso e Mato Grosso do Sul e estende-se pela Bolívia e Paraguai.
A região concentra uma extensa biodiversidade. Neste bioma, já foram registradas, pelo menos, 4.700 espécies, considerando plantas e vertebrados. Desse total, 3.500 são espécies de plantas (árvores, vegetações aquáticas e terrestres), 325 peixes, 53 anfíbios, 98 répteis, 656 aves e 159 mamíferos.
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Entre as espécies de aves, é possível encontrar a arara-azul, uma espécie ameaçada de extinção. Outros exemplos de espécies típicas do Pantanal são tuiuiús, tucanos, beija-flores, papagaios e muitos outros.
Em relação aos mamíferos, encontram-se espécies como a onça-pintada, tamanduá-bandeira, cachorro-do-mato, tatu, anta, lobo-guará, caititu, veado-campeiro etc.
Na região, há uma infinidade de répteis, sendo as espécies principais o jacaré, jararaca, sucuri, lagartos e quelônios.
O Pantanal é um bioma extremamente piscoso, já tendo sido catalogadas espécies como piranha, pacu, pintado, dourado, cachara, jaú e piau, por exemplo.
A vegetação dessa região também possui grande variedade. Isso se deve à contraposição entre o clima tropical, relativamente seco, e as cheias que dominam a região entre os meses de novembro e abril.
O clima da região é tropical. No entanto, é um pouco mais seco que o tropical presente mais ao centro do país. Essa característica deve-se à atuação da massa Tropical continental (mTc), uma massa quente e seca formada na região do Chaco, entre o norte do Paraguai e o sul da Bolívia.
Se houvesse apenas essa característica mais seca do clima, o Pantanal tenderia a apresentar uma característica semelhante à da caatinga, especialmente nos meses de inverno. Entretanto, devido à presença das cheias que ocorrem na região, há uma completa mudança na organização da vegetação.
Na estação seca, a água de superfície dos campos extensos, cobertos predominantemente por gramíneas e vegetação de cerrado, chega a escassear, existindo apenas rios perenes, com leito definido.
Em muitas áreas, é necessário recorrer aos estoques subterrâneos, utilizando bombas manuais e moinhos de vento para garantir o fornecimento às casas e bebedouros de animais domésticos.
Entretanto, como o Pantanal é uma grande planície e recebe água de vários rios que nascem nos planaltos em seu entorno, essa região conhece grandes cheias que inundam a maior parte de suas terras entre os meses de outubro e abril.
As primeiras chuvas da estação são facilmente absorvidas pelo solo seco e poroso. Com o constante umedecimento da terra, a planície rapidamente se torna verde, devido ao rebrotamento de inúmeras espécies resistentes à falta d’água dos meses anteriores.
Em poucos dias, o solo se encharca e não é mais capaz de absorver a água da chuva, que passa a encher os banhados, as lagoas e transbordar dos leitos mais rasos, formando cursos de localização e volume variáveis.
O grande aumento periódico da rede hídrica no Pantanal, combinado com a baixa declividade da planície e a dificuldade de escoamento das águas pelo encharcamento do solo, são responsáveis por inundações nas áreas mais baixas, o que confere à região um aspecto de imenso mar interior.
Já os terrenos mais elevados e os morros isolados se sobressaem como verdadeiras ilhas cobertas de vegetação, e se torna uma região onde muitos animais se refugiam à procura de abrigo contra a subida das águas.
Devido a sua importância ambiental, o Pantanal foi decretado Patrimônio Nacional, pela Constituição de 1988, e Patrimônio da Humanidade e Reserva da Biosfera, pelas Nações Unidas, em 2000.