O campus da AEMS - Três Lagoas está localizado no bairro Distrito Industrial, em Três Lagoas, município a cerca de 340 km da capital de Mato Grosso do Sul. Em sua estrutura física, possui mais de 100 salas de aula, biblioteca física e digital, brinquedoteca, anfiteatro, auditório, salas multimídia, sala de júri, Núcleo de Prática Jurídica e áreas de convivência. Também conta com clínicas de Fisioterapia, Psicologia e Nutrição, mini-cozinhas, laboratórios de informática e laboratórios próprios para a área da saúde. A instituição dispõe ainda de um conjunto poliesportivo.