A sede da FAFS está localizada em Fátima do Sul, município a cerca de 240 km da capital do Mato Grosso do Sul.
Entre os destaques da estrutura oferecida pela instituição estão biblioteca, sala de múltiplas atividades, laboratório de informática, laboratório de biologia e anatomia, quadras poliesportivas, piscinas e áreas de convivência.