A sede da FECS fica no bairro do Paraíso, em São Paulo, próximo à estação Vergueiro do metrô. Ela está instalada dentro do complexo hospitalar do Hospital Alemão Oswaldo Cruz. As instalações do hospital estão disponíveis para as atividades de ensino, pesquisa e extensão da faculdade, que ainda possui salas com recursos multimídia interativos, biblioteca, auditório, além de laboratórios de informática e de práticas assistenciais.