A sede da FESL está localizada em Jaboticabal, cidade a cerca de 350 km de São Paulo. Mas a instituição também trabalha com polos de apoio presencial em dezenas de cidades por todo o país para os alunos dos cursos a distância.
Na unidade sede a instituição conta com cerca de 60 salas de aula climatizadas, biblioteca com espaços de estudo individual e em grupo, laboratórios de informática, laboratórios específicos para os cursos (como os de anatomia, farmacologia e fisiologia), brinquedoteca, além de estúdios de rádio, TV e fotografia.