O Mackenzie possui três campi principais em São Paulo: Higienópolis, Alphaville e Campinas, cada um com infraestrutura completa, incluindo bibliotecas, laboratórios, salas de aula modernas, auditórios, áreas de convivência e restaurantes.
Além disso, a universidade mantém colégios e polos de educação espalhados pelo país, incluindo unidades no Paraná, Brasília, Rio de Janeiro, Palmas e Dourados. Desde 2019, a instituição ampliou sua atuação na área de saúde com a aquisição do Hospital Universitário Evangélico Mackenzie (HUEM) e da Faculdade Evangélica Mackenzie do Paraná (FEMPAR).