A UNIFACS possui quatro principais campi em Salvador: Campus Lapa, Campus Paralela, Campus Santa Mônica e Campus Tancredo Neves. O Campus Lapa está localizado no bairro de Nazaré e conta com biblioteca, auditório, laboratórios e salas de aula equipadas.
O Campus Paralela concentra cursos da área da Saúde, como Medicina, Psicologia, Nutrição e Fisioterapia, dispondo de laboratórios especializados e espaços para prática profissional.
A unidade Santa Mônica, no bairro de mesmo nome, abriga cursos das Engenharias, Saúde e Finanças. Já o Campus Tancredo Neves se destaca por sua infraestrutura completa, incluindo estúdios de televisão e publicidade, auditórios e laboratórios modernos.
As bibliotecas da UNIFACS estão distribuídas entre os campi de Salvador e Feira de Santana, oferecendo um acervo de cerca de 400 mil itens, entre livros e materiais audiovisuais. A infraestrutura também inclui clínicas-escolas, laboratórios de informática e espaços de convivência para os alunos.