As duas unidades da Unifenas estão localizadas na região da Pampulha, em Belo Horizonte. A unidade Jaraguá está localizada na Rua Boaventura, 50, no bairro Universitário, CEP: 31270-020, em Belo Horizonte. Por outro lado, a unidade Itapoã está localizada na Rua Líbano, 66, bairro Itapoã, CEP: 31710-030, também na capital mineira. O site da Unifenas afirma que Centro de Ensino e Atenção à Saúde da Comunidade (CEASC), voltado para o atendimento clínico, também está localizado na unidade Itapoã.
Por outro lado, a sede da IES está localizada Rodovia MG 179, Km 0 - CEP 37132-440, em Alfenas-MG. Ou seja, aproximadamente 350 quilômetros distanciam Alfenas de Belo Horizonte. Por fim, Campo Belo, Divinópolis, Poços de Caldas e Varginha são os outros municípios mineiros que recebem prédios da Unifenas.