Dentro do filo dos Cordados, subdivisões conhecidas como subfilos permitem classificar os organismos em até três grupos:
Cephalochordata (Cefalocordados)
Animais marinhos de poucos centímetros de comprimento. Geralmente são encontrados no interior de rochas ou em canais subterrâneos na areia. São muito similares aos peixes embora não possua crânio nem cérebro. Especula-se que foi a partir dos Cefalocordados que surgiram os vertebrados.
O principal integrante desse grupo é o Branchiostoma lanceolatum conhecido como anfioxo, nome que em muitos locais é atribuído aos Cefalocordados de modo geral. O anfioxo passa a maior parte do tempo enterrado na areia do mar apenas com a boca para fora. Assim como todos os cefalocordados, sua alimentação é através da filtração de água através da faringe capturando moléculas orgânicas e pequenos nutrientes dissolvidos.
Os cefalocordados possuem respiração fechada, com o sangue sendo bombeado pelo coração. Também possuem um sistema nervoso derivado do tubo nervoso dorsal e reprodução sexuada com indivíduos com sexo separado (dióicos).
Branchiostoma lanceolatum, Anfioxo.
Urochordata (Urocordados)
Também chamados de Tunicados devido ao envoltório de polissacarídeo característico desse subfilo chamado de túnica, esses organismos se assemelham mais aos equinodermos que aos Cordados, sendo considerado na linha evolutiva os primeiros organismos gerados a partir do mesmo ancestral dos equinodermos.
São organismos sésseis (sem capacidade de locomoção), marinhos e que podem viver de forma isolada ou em conjunto formando grandes colônias. Sua aparência é similar a uma bolsa gelatinosa, embora existam alguns tunicados com estrutura larval que são semelhantes a girinos que nadam em busca de alimentos e não ultrapassam dos 10 cm de comprimento.
Se alimentam filtrando fitoplânctons presentes na água e apresentam reprodução sexuada com espécies monóicas (hermafroditas, possuindo cada indivíduo ambos os sexos), embora possam se reproduzir assexuadamente por brotamento.
Polycarpa aurata, um tunicado.
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Craniata (Vertebrados)
Também chamados de vertebrados, esses animais possuem uma estrutura óssea que protege a maior parte do sistema nervoso central. O crânio protege principalmente o cérebro e outras estruturas próximas e a notocorda dá lugar para a coluna vertebral que protege a medula espinhal além de auxiliar na sustentação do corpo e na postura.
Os craniados ou vertebrados constituem um grupo diversificado com hábitos e até estruturas morfológicas diferentes. Atualmente, embora ainda existam divergências quanto a categorização desse subfilo, os cientistas assumem que existem duas superclasses dentro dos vertebrados:
Agnathas
Animais sem mandíbulas na bola como peixes-bruxas e lampreias.
Lampreia.
Gnathostomata
Animais com mandíbula. Dentro dessa subclasse estão as principais classes de vertebrados conhecidas: Peixes, Anfíbios, Répteis, e Mamíferos.