A UniFAJ possui vários campi em Jaguariúna e Holambra. O CAMPUS I está localizado na Rua Amazonas, 504, em Jaguariúna, e pode ser contatado pelo telefone 0800 775 5555.
O CAMPUS II fica na Rodovia Adhemar Pereira de Barros, Km 127, também em Jaguariúna, com o mesmo telefone de contato.
O CAMPUS III – Interclínicas encontra-se na Avenida dos Ipês, 678, em Jaguariúna, e pode ser contatado pelo telefone (19) 3837-8300, exclusivo para agendamentos e cancelamentos de consultas.
CAMPUS IV – Hospital-Escola Veterinário está na Rodovia Adhemar Pereira de Barros, Km 127, Jaguariúna, e pode ser contatado pelo telefone (19) 3837-8506.
O CAMPUS V – CPAA (Centro de Pesquisas Ambientais e Agropecuárias) também está na Rodovia Adhemar Pereira de Barros, Km 127, em Jaguariúna.
CAMPUS VI – CCEM (Centro Clínico de Especialidades Médicas) se localiza na Rodovia Adhemar de Barros (SP 340), Km 127, nº 280, Tanquinho Velho, Jaguariúna. Por fim, o CAMPUS VII – UniFAJ está situado na Estrada Municipal HBR 40, Gleba 5E, Seção C, Bairro Fundão, em Holambra, SP.