A estrutura da Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto abrange laboratórios e biblioteca. De acordo com o site da instituição, a FAMERP oferece 61 programas de residência médica e 26 de aprimoramento. Por fim, FAMERP tem um convênio com a Fundação Faculdade Regional de Medicina (FUNFARME), que administra o Hospital de Base (HB) de São José do Rio Preto-SP. A FAMERP está localizada na Av. Brigadeiro Faria Lima, 5416, Vila São Pedro, em São José do Rio Preto-SP.