A Fametro tem sede em Manaus, com quatro campi localizados nos bairros Tabatinga, Nova Cidade, Leste e Cachoeirinha. Fora da capital, mantém unidades em cidades como Tefé, Parintins, Itacoatiara e Coari.
A instituição também está presente em outros estados, como Pará e Roraima, por meio das faculdades metropolitanas. Sua estrutura inclui laboratórios, ambientes modernos e mais de 100 polos de apoio presencial em diversas regiões.
Para o ensino a distância, oferece um Ambiente Virtual de Aprendizagem (AVA) moderno, com materiais didáticos, atividades práticas e suporte de professores e tutores.