A Fasipe possui duas unidades em Sinop, cidade a cerca de 480 km de Cuiabá, e uma unidade na própria capital mato-grossense. No campus principal, no bairro Florença, em Sinop, possui biblioteca, sala multipedagógica, laboratórios de informática, clínicas para a área da saúde (como de Nutrição, Odontologia e Fisioterapia), além de mais de 40 laboratórios específicos para os cursos, em campos como Anatomia, Práticas Avançadas em UTI, Robótica e Microbiologia.