A UniFatecie conta com 5 unidades dispostas no estado do Paraná. A primeira, denominada de Unidade Getúlio, está localizada na Rua Getúlio Vargas, 333, na cidade de Paranavaí (PR). O campus sedia o Ensino Fundamental II (6º ao 9º ano), além de cursos de graduação das áreas de Administração, Processos Gerenciais, Marketing, Processos Gerenciais, Sistemas para Internet, Gestão Ambiental e Educação Física.
A segunda unidade, a Unidade Sanepar, está localizada na Rua Manoel Ribas C/Cândido Bertier Fortes, 2178, também na cidade de Paranavaí (PR). O campus é sede do Ensino Médio, e também abriga os cursos de Ciências Contábeis e Pedagogia.
O terceiro anexo da UniFatecie é a Fazenda Experimental, localizada na Rodovia BR 376, Km 97, Chácara Jaraguá, em Paranavaí (PR). Ela é disposta para aulas práticas dos cursos de Agronomia e Medicina Veterinária.
A quarta unidade, e sede administrativa da instituição, a Unidade Matriz, abriga os cursos de Agronomia, Arquitetura e Urbanismo, Engenharia Civil, Psicologia, Direito, Medicina Veterinária, Enfermagem e Odontologia. Ela está localizada na Rodovia BR, nº 1000 – Chácara Jaraguá, em Paranavaí (PR).
Por fim, a instituição conta com um núcleo de práticas jurídicas e psicológicas, na Avenida Distrito Federal, 623, Paranavaí (PR). O anexo é destinado para lições práticas dos cursos de Direito e Psicologia.
A universidade também possui uma rede de polos de ensino a distância, com mais de 1.000 unidades em todos os estados brasileiros.