A sede da Unisep fica em Dois Vizinhos, no Paraná. A instituição também possui um campus em Francisco Beltrão, no sudoeste do estado paranaense.
Em suas instalações, há salas de aula climatizadas, laboratórios específicos, biblioteca, clínicas odontológicas e salas cirúrgicas. Conta também com estações para experimentos práticos, ginásio poliesportivo e um anfiteatro com capacidade para mais 700 pessoas.