Situada a cerca de 60 km de São Paulo (SP), em Jundiaí, a FMJ possui duas unidades que ficam distantes apenas por 300 metros. Outros dois espaços estão em processo de construção e de aquisição para abrigar os cursos de pós-graduação e o Centro de Estudos da instituição.
Dispõe de salas de aulas, biblioteca, auditório, anfiteatros, laboratórios, laboratório de Informática e espaço de alimentação. Além disso, os alunos podem fazer estágios em Unidades Básicas de Saúde, no Ambulatório de Especialidades, no Hospital Universitário, no Hospital São Vicente de Paulo e no Hospital Regional.