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Oscar, o certificado é emitido na colação de grau. Existe um período estipulado pela Instituição de Ensino (dentro do prazo do MEC) para a emissão do diploma. Você não procurou a Instituição dentro desse período para solicitar o diploma? Na pergunta você diz não saber se a Funeso ainda existe. Sendo assim, procure pela Instituição e se não encontrar, peça ajuda para a Secretaria de Educação do seu município.