A Furb está localizada em Blumenau, no Vale do Itajaí, a cerca de 130 quilômetros de Florianópolis. A universidade possui infraestrutura acadêmica e administrativa distribuída em diferentes câmpus, com espaços voltados ao ensino, pesquisa, extensão e atendimento à comunidade.
As instalações incluem laboratórios específicos, bibliotecas, auditórios, salas de exposição, espaços de cinema e vídeo, pátio aberto, livraria universitária, restaurantes e cantinas. A instituição também conta com complexo esportivo e hospital universitário, além de estruturas especializadas como hospital veterinário e policlínica.
A organização acadêmica é composta por Centros de Ciências, que reúnem departamentos de áreas afins, como Educação, Artes e Letras, Ciências Exatas e Naturais, Ciências Humanas e Comunicação, Ciências Jurídicas, Ciências Sociais Aplicadas, Ciências da Saúde e Ciências Tecnológicas.
Além do ensino superior, a Furb mantém a Etevi – Escola Técnica do Vale do Itajaí, instituição vinculada ao sistema estadual de ensino que oferece formação em nível médio.