A sede da UEA fica em Manaus, capital do Amazonas. A universidade é composta de 24 unidades acadêmicas, sendo cinco Escolas Superiores na capital, seis Centros de Estudos Superiores, além de 13 Núcleos de Ensino Superior no interior do Estado.
Em sua infraestrutura, possui 329 salas de aula, 25 bibliotecas, 14 auditórios, dois anfiteatros, 116 laboratórios, cinco casas do estudante e nove restaurantes universitários distribuídos entre capital e interior. Conta também com Policlínica Odontológica, Núcleo de Atendimento Odontológico a Pacientes Especiais e Núcleo de Prática Jurídica.