Localizada em Feira de Santana (BA), o mais importante centro de desenvolvimento do interior do Estado que fica a cerca de 115 km de Salvador, a sede da UEFS dispõe de laboratórios específicos, biblioteca, empresas juniores, restaurante universitário, cantinas e áreas de convivência. Em suas instalações, há também museus, auditórios, parque desportivo, serpentário, herbário, residência universitária e residência indígena.
Suas outras unidades envolvem o Horto Florestal, o Observatório Antares, o Centro Universitário de Cultura e Arte (CUCA) e o campus avançado da Chapada Diamantina.