A sede da Uema fica em São Luís, no Maranhão. Conta ainda com 18 campi no estado nas cidades de Bacabal, Balsas, Barra do Corda, Caxias, Codó, Coelho Neto, Colinas, Coroatá, Grajaú, Itapecuru-Mirim, Lago da Pedra, Pedreiras, Pinheiro, Presidente Dutra, Santa Inês, São João dos Patos, Timon e Zé Doca. Possui também 35 polos de educação a distância e 20 polos do Programa Darcy Ribeiro.
Além das salas de aula, suas unidades dispõem de bibliotecas, laboratórios específicos, áreas de convivência, restaurante universitário, hospital veterinário, fazenda-escola, biotério, editora e posto médico.