A UFF tem sede em Niterói e conta com três campi principais na cidade: Valonguinho, Gragoatá e Praia Vermelha, além de unidades em bairros como Ingá, Santa Rosa e Vital Brasil.
A estrutura inclui 580 laboratórios, 29 bibliotecas, 21 auditórios, o Hospital Universitário Antônio Pedro (HUAP), hospital veterinário, farmácia universitária, fazenda escola e núcleo experimental.
A UFF também está presente em outras cidades fluminenses, como Volta Redonda, Campos, Petrópolis, Rio das Ostras, Nova Friburgo, Macaé, entre outras, somando 28 municípios atendidos.
Há ainda uma unidade avançada em Oriximiná, no Pará. A universidade possui ainda espaços culturais, como um centro de artes, e formações presenciais e EAD.
O corpo docente é formado majoritariamente por doutores e há cerca de 47 mil alunos de graduação e 8 mil de pós-graduação Stricto Sensu.