A sede da Ufopa fica em Santarém (PA), a cerca de 1.220 km de Belém, capital do estado. Seus outros campi estão localizados nas cidades de Alenquer, Itaituba, Juruti, Monte Alegre, Óbidos e Oriximiná.
Em sua infraestrutura, há bibliotecas, laboratórios específicos, agência de inovação, restaurante universitário, biotério e laboratórios de informática.