A sede da UFSC está localizada em Florianópolis, capital de Santa Catarina. A instituição conta, ainda, com outros campi distribuídos pelo território.
O Campus Trindade é a principal unidade da instituição. Ele abriga órgãos administrativos, além de 10 dos 11 centros ensino. A infraestrutura da localidade é composta por diversos laboratórios, bibliotecas, salas de aula e áreas de convivência.
Outro campus importante da UFSC é o Campus de Joinville. Fundada em 2009, a unidade é caracterizada pela oferta de cursos de graduação e pós-graduação em áreas de engenharia e automobilística.
Além desses, a UFSC ainda conta com outros campi, como o Campus Araranguá, que oferece cursos nas áreas de Tecnologia, Ciências Sociais e Saúde, e o Campus Curitibanos, especializado em Medicina Veterinária e Ciências Ambientais.
Por fim, a UFSC possui um campus em Blumenau, fundado em 2014. A unidade reúne a oferta de cursos de licenciatura e bacharelado em áreas como Matemática, Química, Engenharia de Materiais, entre outras.