A sede da UnC fica na cidade de Mafra, a cerca de 295 km de Florianópolis (SC). Conta também com outros cinco campi (Canoinhas, Concórdia, Curitibanos, Porto União e Rio Negrinho) e polos de apoio ao ensino a distância.
Em sua infraestrutura, possui salas de aula, clínicas de Fisioterapia, Psicologia e de Optometria, núcleos de prática jurídica, hospitais veterinários, laboratórios, núcleo de inovação tecnológica, incubadoras (MAFRATEC e ITEC) e estações de Rádio Universitárias. Além disso, dispõe de brinquedoteca, complexo esportivo, bibliotecas, cantinas, anfiteatros e auditórios.