O campus sede está localizado em Cáceres, no sudoeste do estado, sendo um dos principais centros acadêmicos da instituição.
Nesse campus são oferecidos cursos como:
- Agronomia
- Ciência da Computação
- Ciências Biológicas
- Ciências Contábeis
- Direito
- Educação Física
- Enfermagem
- Geografia
- História
- Letras
- Matemática
- Medicina
- Pedagogia
Outro campus importante está localizado em Sinop, no norte do estado, oferecendo cursos como:
- Administração
- Ciências Contábeis
- Ciências Econômicas
- Engenharia Civil
- Engenharia Elétrica
- Geografia
- Sistemas de Informação
Já o campus de Alta Floresta, situado na região norte de Mato Grosso, possui uma área aproximada de 40 hectares e oferta cursos como:
- Agronomia
- Ciências Biológicas
- Direito
- Engenharia Florestal
Além desses, a universidade possui unidades nas cidades de:
- Alto Araguaia
- Barra do Bugres
- Colíder
- Diamantino
- Juara
- Médio Araguaia
- Nova Mutum
- Nova Xavantina
- Pontes e Lacerda
- Tangará da Serra