A sede da Unicep está localizada em São Carlos (SP), a cerca de 250 km de São Paulo. Conta também com unidades nas cidades paulistas de Rio Claro e Porto Ferreira.
Em sua estrutura há biblioteca, com acervo físico e digital, auditórios, espaços de apoio ao ensino e à pesquisa e laboratórios para estudo experimental prático em diversas áreas. Além disso, possui estúdios de TV e de Fotografia, cantinas, quadra poliesportiva, laboratórios de informática, clínicas-escola e áreas de convivência.