Na Brazcubas, há um departamento responsável pelas demandas pedagógicas que envolvem a formação docente e discente. O IDEA (Inovação e Desenvolvimento em Ensino e Aprendizagem) apoia o nivelamento de matemática e língua portuguesa, trabalha novas metodologias de ensino e desenvolve os alunos para o ENADE em relação à prova de Formação Geral.
A instituição desenvolveu uma metodologia de ensino chamada TED (Transformando a Educação), com o objetivo de permitir ao aluno construir a sua própria jornada de aprendizagem, de forma 100% flexível.
O Centro Universitário Braz Cubas faz parte do grupo Cruzeiro do Sul. Por conta disso, a instituição conta com ferramentas e plataformas online, como a Área do Aluno, meio pelo qual o estudante pode realizar as aulas no formato EaD e acompanhar questões acadêmicas.