A reprodução dos cnidários pode ocorrer de forma assexuada, assim como nos poríferos.
Nesse processo, conhecido como brotamento, uma estrutura chamada de broto começa a crescer no corpo do cnidário. Em condições favoráveis, o broto permanece se desenvolvendo até se soltar e virar um indivíduo independente.
Por ser uma reprodução assexuada, não gera variabilidade genética e, portanto, os descendentes gerados são idênticos geneticamente ao organismo gerador.
Esquema de brotamento em uma hidra.
Os cnidários podem apresentar ainda reprodução sexuada. Embora algumas espécies sejam monóicas (apresentando ambos os sexos em um mesmo indivíduo), há espécies dióicas (com sexo separado) entre os cnidários.
Na reprodução sexuada, os gametas masculinos (espermatozóides) são liberados na água e partem à procura do gameta feminino (óvulo) localizado na superfície do corpo de outro cnidário. Após o encontro dos gametas masculino e feminino, processo conhecido como fecundação, o zigoto é formado e permanece no corpo do organismo provedor do óvulo.
O zigoto é envolto por uma camada protetora semelhante ao exoesqueleto de quitina presente nos artrópodes. O zigoto passa então a se desenvolver em embrião que se passado um tempo, destaca-se do corpo em que estava fixo.
Em condições favoráveis, o organismo se desprende da camada protetora que habitava e passa a ser um indivíduo jovem já desenvolvido. O desenvolvimento é, portanto, direto, não possuindo estágio larval.
Além do desenvolvimento direto, aquele que não possui a formação de larva, alguns cnidários podem apresentar desenvolvimento indireto, como o encontrado em algumas espécies de águas-vivas.
As medusas, como as águas-vivas, são geralmente espécies dióicas e a fecundação ocorre com a medusa macho liberando os espermatozóides na água que vão de encontro ao óvulo que pode ter sido também liberado na água, dessa forma apresentando fecundação externa, ou se encontrar fixo no interior do corpo da medusa fêmea, a fecundação é interna.
Independente da forma da fecundação é gerada uma larva ciliada chamada de plânula, que nada até se fixar em um substrato com condições favoráveis para o desenvolvimento.
Desenho típico de uma larva Plânula.
Após a fixação, a larva se desenvolve em um pólipo específico de nome cifístoma que sofrerá diversas divisões celulares transversais até liberar um indivíduo natante na água chamado de éfira. Esse processo é chamado de estrobilização e o desenvolvimento da éfira gera uma medusa adulta.
Esse ciclo de desenvolvimento indireto é chamado de metagênese e possui como característica principal, a alternância de gerações, onde há a formação de indivíduos sésseis que se reproduzem de forma assexuada por estrobilização e há também a formação de indivíduos natantes (fase predominante) como as medusas que se reproduzem de forma sexuada.