Para Descartes não havia lógica em separar o conhecimento científico, matemática e física, da filosofia. Ele o enxergava como um todo, sem delimitações.
O conhecimento na visão de Descartes possuía embasamento na metafísica, como as raízes de uma árvore.
É solidificada pela própria física, sendo esta o tronco, e as diversas áreas científicas restantes seriam os galhos desta árvore, sendo sustentados e alimentados pelos anteriores.
A filosofia neste aspecto não comportaria o papel de algo abstrato e confuso, mas sim uma ciência que serve de suporte às outras.
Teve grande influência na física, estudando a reflexão e refração da luz, juntamente com a inércia dos corpos. Iniciou até mesmo estudos em somas infinitesimais, mas estes depois foram sobrepujados pelos de Newton.
Entretanto sua maior influência, depois da filosofia, foi na geometria. Procurando estabelecer seu Método Cartesiano na geometria, achando-a muito abstrata em seus problemas, este desenvolveu a Geometria Analítica.
Foi uma maneira de construir a geometria de forma que pudesse aplicar seus métodos de resolução de problemas por partes.
Isso gerou enorme influência na área da matemática e da física, abrindo caminho para que os cientistas enxergassem melhor e de maneira mais analítica os problemas a serem desenvolvidos.
Entre outras áreas de estudo de René Descartes, estão a teologia, em que ele tenta provar a existência de Deus através da razão.
Na medicina, estudou o sistema circulatório humano, caracterizando este como um grande sistema de válvulas e bombas hidráulicas, influenciado pelo mecanicismo. Também estudou o sistema nervoso, mais especificamente os reflexos humanos.