O IESB conta com três principais campus. Sua sede está localizada em Brasília, no Campus Norte. A unidade foi inaugurada em 1994 e possui salas de aula equipadas, laboratórios, auditórios e biblioteca.
O Campus Sul é a maior estrutura da instituição, localizado próximo ao Parque da Cidade. Ele conta com infraestrutura moderna, composta por biblioteca, laboratórios, salas de aula, clínica-escola, auditórios, cantina e estacionamento. Além disso, o campus Sul oferece cursos nas áreas de ciências humanas, sociais, exatas e tecnológicas.
Por fim, o Campus Ceilândia conta com cursos de graduação, além de hospedar o Colégio IESB, composto pelo Ensino Médio e Fundamental. A unidade também é equipada com salas de aula e laboratórios.
O IESB conta, ainda, com polos espalhados por todo o país que assistem aos estudantes da modalidade EaD.