A UNIFESP possui sete campi no estado de São Paulo. Na capital há o Campus São Paulo, no bairro Vila Clementino (que concentra cursos da área de saúde e a sede da instituição) e o Campus Zona Leste, em Itaquera (com cursos ainda em processo de implementação).
Outros três campi ficam na região metropolitana de São Paulo: em Diadema (cursos na área de ciências biológicas), Guarulhos (ciências humanas) e Osasco (gestão e negócios). Há ainda o Campus São José dos Campos (ciências exatas) e o Campus Baixada Santista, em Santos (que mescla cursos das três grandes áreas de conhecimento).