O primeiro passo desse protocolo diz respeito à caracterização do gene de interesse. Após isso, é iniciado ao processo de isolamento do DNA do organismo que contém o gene. A esse organismo é dado o nome de organismo doador.
Assim, após a caracterização e o isolamento do DNA de interesse, é iniciado o processo de extração, onde uma enzima de restrição isolará o fragmento de DNA, e então ocorre a clivagem.
Após isso, os fragmentos frutos da clivagem são ligados a uma outra molécula de DNA, que assim como os plasmídeos bacterianos, necessariamente tem um replicação autônoma.
Essa molécula será denominada vetor de clonagem e atuará como portadora dos fragmentos do DNA. Dessa forma, ocorrerá a formação de uma molécula de DNA recombinante.
Depois que se obtém a molécula de DNA que será capaz de codificar uma proteína de interesse, será necessário que o vetor se perpetue até que ocorra a reprodução da proteína de interesse. Para isso, será necessária uma célula que atuará como hospedeira. Nela será introduzida o vetor recombinante por um processo denominado transformação.
Nesse momento, as células hospedeiras serão plaqueadas onde crescem em colônias separadamente. Nesse processo, uma célula individual transformada com um vetor recombinante se dividirá em milhões de células portando o vetor recombinante. Essa população é denominada clone de DNA. Dessa forma o hospedeiro amplificou a molécula recombinante de interesse.
Depois que se obtém o clone de interesse, o último passo será submeter o clone a uma série de análises que permitem verificar se a construção recombinante em um hospedeiro será capaz de expressar, quantitativamente e qualitativamente, a proteína de interesse.
Enzimas de restrição fazem a digestão do DNA do organismo doador e do vetor. Então o vetor já linearizado e o fragmento de interesse serão ligados e então passará a ser a célula hospedeira apropriada. É a partir dessa célula que ocorre a expressão da proteína de interesse.
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