Existem algumas diferenças básicas entre as células procariontes e eucariontes. De maneira geral, as células eucariontes são bastante complexas enquanto as células procariontes são mais primitivas.
Primeiramente, a maior diferença entre uma e outra é a ausência de envoltório nuclear nas células procariontes e a presença de envoltório nuclear nas eucariontes. Em relação ao tamanho, também observa-se uma grande diferença já que as células procariontes são muito pequenas quando comparadas às células eucariontes.
As células eucariontes, mais complexas, além do envoltório nuclear, apresentam uma grande variedade de organelas membranosas, citoesqueleto, e o DNA é linear. Nas celulas procariontes, o DNA é circular.